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日本"学术女神"黯然离开学术界 仍为自己叫屈
随后，有研究人员在网上揭露小保方向早稻田大学提交的博士论文有诸多可疑之处，例如占其论文五分之一篇幅的20多页内容几乎与美国国立卫生研究院网站上的一篇科普文章完全相同。
理化学研究所的调查小组于今年9月在《自然》杂志上撰文说，他们通过对小保方晴子留存的实验材料进行调查，确定所谓新型“万能细胞”实际全都来自该研究所保存的胚胎干细胞。
STAP论文中提到的实验材料的调查结果
至此，理化学研究所作出取消小保方博士学位的决定，可谓顺理成章。但是，小保方继续为自己叫屈。
早稻田大学宣布上述决定的当天，小保方通过她的代理律师对校方的决定表示了不满，认为校方的“（审查流程）从最初开始就是以不合格为前提的，非常不公正”。
小保方在声明中说，我提交修改后的论文之前，导师就告诉我“这次合格的可能性非常低”，就不合格的理由，负责论文审查的老师表示，“为什么不能承认你的博士学位呢，看看业界同行一系列的反应就不言自明了吧”，所以，非常明显，校方的结论重视社会的舆论趋势而偏离了学术方面的理由。
小保方还说，这次论文的修改是在自己住院和休养期间进行的，我向大学方面提交了医生的诊断书，诊断书写明我现在思考能力和集中能力下降，健康状况让我无法在博士论文上发挥能力，但是校方既要求我提交差不多6年前保存在美国的研究资料，又给我设置了严格的时间限制，完全不考虑我的身心状况，甚至可以说将我现在的健康状况也作为不合格的理由。
小保方晴子和她的代理律师
据小保方的代理律师介绍，小保方今年夏天之前再次提交了论文。但是其他论文有问题的人完成对论文的修改，然后在一些材料上签字后，他们的博士学位仍能获得承认。当小保方问，我是不是受到和他人不同的对待时，相关人员回答，或许是有差别。小保方不满自己接受了双重标准的审查。
律师还说，小保方在提交博士论文时，错误地提交了草稿阶段的论文，里面的用语解释和图片只是备忘性地写了一些参考的内容，并未进行正确的引文注释。而小保方的母亲当时身患重病，她每天忙得焦头烂额，才误交了草稿阶段的论文。所以，小保方没有学术不端的意图，归根到底只是过失造成的错误，不适用于“故意通过不正当手段获得学位”这一学位取消的要件。
律师暗示，就早稻田大学这次作出的决定，他们正讨论采取法律措施。
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