2007年3月，中国国家博物馆水下考古研究中心联合海南省文物局，对华光礁一号沉船遗址进行了全面的大规模考古发掘。发掘期间，对华光礁、北礁、玉琢礁海域还做了水下考古调查，在华光礁、北礁各发现2处水下遗存。2008年12月，在对华光礁一号沉船遗址第二次发掘期间，又发现1处水下铁炮遗存，共有4门，打捞其中1门。
2009年5月，中国国家博物馆水下考古研究中心与海南省文物局合作，开展了西沙群岛海域文物普查工作，对永兴岛、东岛、浪花礁、玉琢礁、七连屿一带海域进行了水下考古调查，发现了11处水下文化遗存。
2010年4-5月，中国国家博物馆再次组织西沙群岛水下考古调查项目，继2009年西沙群岛海域宣德群岛之后再次开展大规模水下考古调查工作，此次调查主要在永乐群岛进行，包括华光礁、北礁、盘石屿、银屿、石屿、珊瑚岛等岛礁，还调查了宣德群岛的赵述岛、浪花礁。该年度调查了42处水下文化遗存，新发现遗址32处，取得了丰硕成果。其中，北礁海域调查的27处遗址中，新发现地点达19处，包括3处沉船遗址和15处水下遗物点。调查工作中，还进行了出水文物的初步保护与整理，规范了各类遗迹、遗物的记录，这既保证了水下考古工作的科学性与规范性，又加深了对所发现遗存的认识。此次调查的42处水下遗存，其时代跨度大，涵盖了北宋至清代各个时期，以北宋晚期至南宋早期、元代、明代中期、明代晚期、清代中晚期几个阶段的遗存尤为集中。在这些水下遗址中，发现并出水了一大批瓷器、碇石、石建筑构件、铜钱等各类遗物标本。例如，北礁19号水下遗存，采集到“皇宋通宝”、“熙宁重宝”、“元丰通宝”、“崇宁重宝”、“洪武通宝”、“永乐通宝”等铭文铜钱数枚。尤为重要的是，石屿二号沉船遗址发现的元代青花瓷器，这是我国水下考古工作中首次发现元青花，弥足珍贵。
2011年4月下旬至5月下旬、2012年4月至5月，为保护西沙水下文化遗产，中国国家博物馆与海南省文物局、海南省西南中沙群岛办事处合作，组成西沙群岛水下文化遗产执法巡查工作队，开展了西沙群岛海域水下文化遗产保护状况巡查和文物执法督查工作期间，对华光礁、盘石屿、玉琢礁、石屿、银屿、七连屿、北礁等海域的水下文化遗存保护状况进行水下考古调查与执法巡查工作。巡查中所见水下文化遗存，大部分遭到不同程度的盗掘，如盘石屿一号、二号沉船遗址，石屿二号、三号沉船遗址，银屿发现的沉船遗址和遗物点，盗掘现象十分严重，中心区域多数被盗掘一空，令人痛惜。
这些重要发现，对该海域水下文化遗存现状有了明确的认识，为探讨宋代以来海上丝绸之路兴衰及其航线、古代航海技术、外销商品种类等问题提供了丰富而又重要的实物资料。
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