1987年，中国南沙综合科考队登陆半月礁，留下了中国石碑和标识物。1995年3月， 菲律宾军队破坏中国美济礁北部的五方礁、南部的半月礁上的中国石碑和标识物。菲律宾国防部宣布向美济礁及附近岛礁增兵，并在半月礁上设立了一些标识和避难所。对此，中国外交部发言人回应，半月礁在中方控制范围之内。

    菲律宾法律严禁捕捞海龟，当地也无食用海龟的习俗；而中医中把海龟壳列为珍贵药材，具有极高经济价值。故海龟捕捞经常成为中菲围绕南海争议岛礁纠纷的引爆点。2010年，菲海岸警卫队在半月礁附近海域扣押9名中国渔民，在船上搜出一些渔网和据称用来制作海龟标本的材料以及福尔马林等药品，菲海警指控这些渔民涉嫌偷猎海龟。

    2012年7月11日，解放军海军1艘护卫舰在南沙半月礁附近海域执行例行巡逻任务时意外搁浅，令菲方大为紧张，菲派遣军方人员调查是否属于意外事故。7月15日，护卫舰在救援兵力协助下自主脱浅成功，舰艇艏部轻度受损，人员安全。