靖康之难后，宋高宗赵构于扬州行宫举行继统后首次祀天大典，衍圣公孔端友与堂叔孔传奉诏陪位。孔端友返回曲阜后，因金兵大举入侵，遂恭负传家宝等与部分族人南迁，后家于浙江衢州。

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　　相传，在清代的松江府青浦县(今属上海)境内有一座古代的“孔宅”旧址，1705年4月21日(康熙四十四年三月壬戌)，第五次南巡中的康熙皇帝路经此地，御笔写下“圣迹遗徽”的匾额，意犹未尽，随即又特别为“孔宅”撰写了一副对联：

　　泽衍鲁邦四海人均化育，裔分吴会千秋世永烝尝。

　　意思是说——孔子的思想虽然衍生于鲁国的洙泗之间但天下万民都受到它的教化，孔子后裔虽然流寓于江南的吴郡和会稽但千百年来世代供奉祭祀着孔子。其中“裔分吴会”即后世所谓的“南孔”，指的是汉晋时期两次南迁的孔子后裔。第一次是东汉末年，时北方兵燹连年，太子少傅孔潜避乱南迁会稽(治山阴，今浙江绍兴)，子孙在东吴政权中多任显官。后世研究孔子支系者认为，孔潜是孔子第22世孙，故世代俱列孔子谱系。孔潜之后子嗣兴旺，支系繁分，世居江南，在东吴、东晋、宋、齐、梁、陈的六朝时期是江南非常显赫的家族之一，达官显贵不胜枚举，史传有名者即不下百人。时代迁延，其支系相继徙居吴越各地，而青浦的“孔宅”可能就是其中一支的旧居。

　　第二次是西晋末年，当时北方相继陷落，“北孔”族人避乱江南者至少有两支：一支是在东晋颇负盛名的孔衍(268~320)，《晋书·孔衍传》记其为孔子第22世孙。史称其平生“虽不以文才著称，博览过于贺循(著名学者)，凡所撰述百余万言”。其子孔启在东晋朝也有名，官至庐陵太守。另外，和孔衍一同南迁的族人孔夷吾，此人博学虽然不如孔衍，但声望和官位都在孔衍之上，东晋建国不久即任侍中，死后追赠为太仆。另一支是所谓的孔子第25世孙、嗣奉圣亭侯孔懿(亭)。据明人程敏政考证，孔懿也是西晋末年随晋元帝司马睿“南渡，居会稽”，其子嗣在南朝多为世袭奉圣亭侯，也颇有官职。这两支自东晋末南渡后，也世代繁衍生息于江南，而青浦的“孔宅”也可能是他们后裔支系的旧居。

　　应该指出的是，孔潜和孔衍二人同为22世，但所处时代却相差约百年，据此推知，孔潜辈分低当是近支，孔衍辈分高当是孔氏远支;孔衍和孔懿二人同处两晋之际，但辈分却相差三代，孔懿为25世，辈分低当是孔氏近支，孔衍为22世，辈分高当是孔氏远支。至于孔潜、孔懿两支，也仅仅是与孔衍一支相比他们的支系或许稍近，但也绝不是古人所津津乐道的正宗嫡系。“南孔”奉孔子祀始于东晋初年的孔懿。自汉代以来，祭祀孔子渐为国家典制，谥封孔子为“褒成宣尼公”等爵号，封其后裔或族人有贤德者为奉嗣君、褒成君、宗圣侯等世袭爵号以奉祀孔子，即主持孔子家庙的祭孔活动。历代赐封不绝，爵号或有改易。汉末国家乱离，奉祀者失封无嗣，曲阜孔庙荒废，孔祭四时不举，至魏文帝黄初元年(220)，遂寻封孔子后裔以奉孔子祀，大臣们认为在孔氏宗人中没有贤于第21世孙、议郎孔羡者，于是赐封“议郎孔羡为宗圣侯，邑百户，奉孔子祀”，又“令鲁郡修起旧庙，置百戸吏卒以守卫之。又于其外，广为室屋以居学者”。孔庙修葺后，曹植亲撰《制命宗圣侯奉家祀碑文》。孔羡死后，他的儿子孔震嗣爵。司马氏有国，晋武帝于泰始三年(267)十一月，改封孔震为奉圣亭侯，又诏命“太学及鲁国，四时备三牲以祀孔子”。此后，孔震之子孔嶷、孙孔抚、重孙孔懿(亭)相继嗣封奉圣亭侯，由于在古人的观念中“凡嗣爵奉祀者谓之大宗”，所以这一支系被视为“大宗”。西晋末，随着第25世孙、嗣奉圣亭侯孔懿徙居江左，所谓的“大宗”也南迁江左，但祖陵和宗脉则世存曲阜，故曰自孔懿后孔氏“分为南北两宗”。

　　在南北朝时期的200多年间，南北阻隔时多，偏安江南的东晋、宋、齐、梁、陈等历代王朝，不仅都有赐封“南孔”族人为奉圣亭侯等以奉孔子祀之举，而且有的王朝还诏命在京畿另建孔子(宣尼公)家庙以为四时祭祀。

　　江南孔子家庙之建，约始于东晋孝武帝时。唐许嵩《建康实录》卷九记载：太元十一年，在封孔靖之为奉圣亭侯奉宣尼祀的同时，还在故丹阳郡城即东晋京城(今南京)立孔子(宣尼)庙，地点就在“城前隔路东南”，许嵩还根据前代《舆地志》的记载说，萧齐朝将这座孔庙迁移到秦淮河北，“以其旧处立孔子寺亦呼其巷为孔子巷，在今县东南五里二百步，长乐桥东一里。”这大概就是今天南京夫子庙的前身。

　　隋朝灭亡前后，南北两宗并相失传，至唐高祖武德九年(625)十二月，复寻封所谓的孔子第33世孙孔德伦为绍圣侯以奉孔子祀。德伦的子孙在李唐王朝世代袭封，贞观十一年(637)、开元二十七年(739)相继被改封为褒圣侯、文宣公。晚唐及五代之初再度失封，时有第43世孙孔光者以泗水县令兼主孔祀，负责守墓的族人孔末乘乱尽杀孔光等孔氏族人，而孔末自己得以成为曲阜县令并兼主孔祀。孔光遇害时他的儿子孔仁玉才出生九个多月，仁玉的母亲张氏将其隐藏在自己的娘家方得幸免，当仁玉长到19岁时孔末事败，至后唐长兴三年(932)五月，仁玉以曲阜县令被赐封为文宣公，入宋而卒。仁玉子孙在北宋王朝世代袭封，仁宗至和二年(1055)、哲宗元祐元年(1086)相继被改封为衍圣公、奉圣公，徽宗崇宁三年(1104)复封为衍圣公，此后800多年赐封无改。

　　浙江衢州孔氏南宗家庙坐落于衢州市区府山街道新桥街，是全国重点文物保护单位。衢州孔庙是全国仅有的两家孔氏家庙之一，素称“南宗”。

　　孔氏南迁虽始于公元3世纪和4世纪初，但后人熟知的则是南宋初的第三次南迁。南宋高宗建炎二年(1128年)，第48世孙、嗣衍圣公孔端友率支族追随宋髙宗南渡，次年赐家衢州(治今浙江衢县)，绍兴六年(1136)诏以衢州学宫为孔氏家庙以供奉孔子。孔氏自此又分南北两宗。到元世祖忽必烈统一中国的时候，南北两宗都已各自传袭了六代。

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